Origini
Filignano ha origini che si perdono nel Medioevo.
Di certo il “Chronicon Vulturnense”, un'antica cronaca dei monaci di San Vincenzo al Volturno ( XII sec.), lo cita, trattando di un istrumento del luglio del 962, col nome di Fundiliano, nome tramutato poi, nel corso dei secoli, in quello di Fondemano.
Esso fece parte dei possedimenti della potentissima abbazia di San Vincenzo come, peraltro, dimostrano i resti di fortificazioni risalenti a quel periodo.
Cerasuolo, una delle sue attuali frazioni, trova parimenti origine nel 962, anno in cui l’abate di San Vincenzo lo dava "a livello" per metterlo a coltura.
Varie vicende feudali portarono Filignano prima alla famiglia Montaquila poi ai duchi di Miranda che lo conservarono fino all’eversione della feudalità.
I feudatari di Filignano promossero la colonizzazione di questo territorio fin dal XVI° secolo, e molti degli attuali borghi traggono il nome dai primi coloni.
Filignano appartenne alla Terra di Lavoro. Nel 1807, essendo frazione di Pozzilli, venne compreso nel Distretto di Piedimonte e nel Governo (poi Circondario, poi Mandamento) di Venafro. Nel 1840 fu dichiarato Comune autonomo e nel 1861 aggregato alla Provincia di Molise, nel Circondario d’Isernia, restando alla dipendenza mandamentale di Venafro, aggregata pur essa al Molise.
All’indomani dell'Unità d’Italia Filignano conobbe la triste piaga del brigantaggio.
Le sue contrade furono teatro di grassazioni ed eccidi, perpetrati dalla famigerata banda Fuoco, di conflitti a fuoco con la Guardia Nazionale e di esecuzioni sommarie ordinate dagli ufficiali dell’esercito che conducevano la repressione.
Nel 1882 il comune si accrebbe per l’aggregazione della frazione di Cerasuolo che fino a quel momento aveva fatto parte del comune di Rocchetta; cominciavano, intanto, le forti emorragie migratorie verso le Americhe, prima, e il centro Europa, poi.
Sul finire dell’ultima guerra, Filignano si trovò sulla “Linea Gustav”, che i Tedeschi, in ritirata verso Cassino, avevano presidiato per resistere all’avanzata delle forze alleate; i suoi paesi conobbero il fuoco, la distruzione e i lutti del fronte bellico.