Origines
Filignano appartenait donc à la très puissante abbaye de San Vincenzo. En témoignent, par ailleurs, les restes de fortifications datant de cette époque.
Cerasuolo, une de ses bourgades, trouve également son origine en 962, année où l’abbé de San Vincenzo donna ses terrains en bail pour les mettre en culture.
Une série de péripéties féodales mena Filignano d’abord aux mains de la famille Montaquila, puis des ducs de Miranda qui le conservèrent jusqu’à la sortie de la Féodalité.
Les feudataires de Filignano encouragèrent la colonisation de ce territoire dès le XVIe siècle, surtout par des paysans provenant de la Val Comino. Ceux-ci construisirent la plupart des hameaux actuels.
Filignano fit ensuite partie de la Terra di Lavoro. En 1807, en tant que bourg de Pozzili, comme tel, il fut compris dans le District de Piedimonte et dans le Gouvernement (ensuite Arrondissement, puis la Circonscription) de Venafro. En 1840, il obtint le statut de Commune autonome et s’intégra à la Province du Molise, dans l’Arrondissement d’Isernia, tout en restant sous la dépendance de la Circonscription de Venafro, intégré également au Molise.
Au lendemain de l’Unité d’Italie, Filignano connut la triste plaie du Brigandage. Ses contrées sont alors le théâtre d’actes de banditisme et de massacres, perpétrés par la célèbre bande de Fuoco, de conflits armés avec la Garde Nationale et d’exécutions sommaires ordonnées par les officiers de l’armée chargée de la répression.
En 1882, la commune pris de l’ampleur en annexant Cerasuolo, qui était jusqu’alors un bourg de la commune de Rocchetta. A cette époque, commencèrent les hémorragies migratoires d’abord vers les Amériques et ensuite vers l’Europe.
A la fin de la Deuxième Guerre Mondiale, Filignano se retrouva sur la Ligne Gustave, mise en place par les Allemands en repli vers Cassino et destinée à résister à l’avancée des forces alliées. Tous ses villages subirent les bombardements, les destructions et les deuils du front de guerre.